捜査１課の調べでは、同区大谷田のマンションにある同施設で同年１０月２１日午後２時ごろから約２時間にわたり、近くに住む桑原くるみちゃんが、マットの上でうつぶせに寝かされ死亡した。吐いたミルクなどを気管に詰まらせており、死因は窒息死だった。
女性経営者はくるみちゃんの泣き声に気づいていたが、隣の部屋でパソコンの操作に熱中し、くるみちゃんを放置して死亡させた疑いが持たれている。
女性経営者は当時、部屋のふすまを閉めており、「たばこの煙が行かないようにするために閉めた」と供述している。女は保育士の資格を持っていなかった。
くるみちゃんの母親（３７）は「一歩前進したが、まだ送検の段階。くるみは殺されたのと同じと思っているので、（刑事）処分が出なければ気持ちは落ち着かない」と話している。
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